Под редакцией проф. Виктора Николаевича Касьянова
Серия "Конструирование и оптимизация программ"
Новосибирск 2005
Является двенадцатым в серии сборников, издаваемых Институтом систем информатики им. А.П.Ершова СО РАН. Описывает методы и инструменты конструирования и оптимизации программ.
Сборник представляет интерес для системных программистов, а также студентов и аспирантов, специализирующихся в области системного и теоретического программирования.
Сборник в формате PDF
Исследовательская система для анализа текстов на естественном языке
В статье кратко описывается исследовательская система для анализа текстов на естественном языке,
разрабатываемая авторами.
|
Сравнительный анализ методов поиска регуляторных модулей в последовательностях ДНК, использующих данные микроэррэев
Данная статья посвящена проблеме поиска регуляторных модулей в последовательностях ДНК.
Описана постановка задачи и произведён краткий сравнительный обзор трёх разработок, направленных на её решение:
пакета TOUCAN, системы TELiS и Composite Module Analyst, отмечены достоинства и недостатки различных подходов.
|
Расчет коэффициента нефтенасыщенности по результатам ядерного каротажа
В статье рассматриваются алгоритмы для расчета нефтенасыщенности по данным ядерного каротажа.
|
Интерфейс пользователей виртуального музея истории информатики в Сибири
Описывается пользовательский интерфейс виртуального музея истории информатики в Сибири.
Разрабатываемый музей предназначен для накопления, систематизации и использования информации,
относящейся к становлению и развитию информатики в Сибири. Музей создается в виде информационно-поисковой,
справочной адаптивной гипермедиа-системы, доступной в Интернет. Рассматривается интерфейс управления информационными
ресурсами: механизм навигации и просмотр информации, поиск, ввод и редактирование информации. Описывается
интерфейс управления пользователями: регистрация, аутентификация, авторизация и администрирование пользователей.
|
Вводный курс программирования на базе языка Zonnon
Кратко представлен вводный курс программирования на базе нового языка Zonnon,
работа над которым ведется в Цюриховском институте информатики.
Разрабатываемый язык задуман как современная альтернатива хорошо известному языку Оберон,
являющемуся преемником языков Паскаль и Модула-2.
Курс предназначен главным образом для тех учебных заведений, в которых в настоящее время используется
язык Паскаль в качестве языка начального обучения программированию и в которых есть желание плавно перейти к
новому курсу программирования, охватывающему концепции современных языков программирования, таких как C#, Java и Ada.
|
Обработка данных микрочиповых экспериментов при помощи языка "R"
В данной статье рассматривается подход к решению задачи выделения генов, изменивших с определенной достоверностью
уровень своей экспрессии на основе данных нескольких микрочиповых экспериментов.
На примере обработки данных с олигонуклеотидного чипа компании Affimetrix описан процесс нормализации и
кластеризации данных в среде программирования языка R GUI с использованием пакетов Bioconductor.
Данная работа может быть использована как руководство по применению языка R и пакета BioConductor для
обработки результатов микрочиповых экспериментов.
|
Семантическая сеть как формальный метод описания и обработки текстов по преобразованиям программ
Электронные вычислительные машины в состоянии обрабатывать только формализованные языки.
Так как естественный язык не формализован, то вычислительная система не в состоянии его обрабатывать.
Автоматическая обработка смысла текста естественного языка возможна только при наличии его формализованного представления.
В статье рассматриваются подход к извлечению и унификации информации, содержащейся в публикациях по преобразованиям программ. За основу берется автоматическое формирование смыслового портрета текста в виде ассоциативной (семантической) сети.
Полученная в итоге семантическая сеть может быть использована в дальнейшем для навигации и реферирования текста.
|
Путевые ядра и разбиения в графах с малыми длинами циклов
Через τ(G) будем обозначать количество вершин в наиболее
длинном пути графа G. Для некоторой пары натуральных чисел
(a,b) такой, что a+b = τ(G), граф G является
(a,b)-разбиваемым, если его множество вершин V(G) можно
разбить на два класса {A,B} таким образом, что τ(G[A]) ≤ a, а
τ(G[B]) ≤ b. Подмножество K множества V(G) называется
Pn-ядром, если τ(G[K]) ≤ n-1 и каждая вершина v ∈ V(G)\K смежна с вершиной, которая является конечной для пути
длины n-1 в графе G. Известно, что наличие Pn-ядра в
графе G означает, что он является (τ(G)-n+1, n-1)-разбиваемым.
В настоящей статье доказана теорема о том, что каждый
граф имеет P9-ядро.
|
Обзор виртуальных музеев в сети Интернет
Дается обзор существующих в сети Интернет так называемых виртуальных
музеев и делается попытка установить различия между сайтами - представительствами реальных музеев и собственно виртуальными музеями.
|
Метод распараллеливания алгоритмов унимодулярными преобразованиями
Цель данной статьи - представить теорию унимодулярных матриц, применяемую для распараллеливания циклов.
Рассматриваемый в статье метод волнового фронта (Wavefront) включает в себя такие преобразования,
как перестановка цикла, обращение цикла и скашивание цикла. В качестве программной модели берется
гнездо из двух циклов с постоянными границами цикла. В статье изучается преобразование гнезда циклов
посредством унимодулярной матрицы, действующей на индексные переменные. Показываются корректность применения
перечисленных выше преобразований; сопоставление матриц соответствующим преобразованиям; возможность параллельного
исполнения внешнего или внутреннего преобразованных циклов; существование матриц, позволяющих параллельное исполнение;
вычисление границ цикла нового гнезда. Описываемые преобразования меняют относительный порядок исполнения итераций
гнезда цикла и используются как для выявления параллелизма,
так и для повышения его степени.
|
Блок редукции в компиляторе SISAL 3.0
Описан блок редуцирующих оптимизаций на внутреннем представлении IR1 для языка Sisal 3.0, т. е.
оптимизирующих трансформаций IR1, гарантированно не ухудшающих каких-либо свойств программы.
Реализованный блок оптимизаций выполняет такие высокоуровневые преобразования, как удаление
общих подвыражений, свертка констант, протяжка констант, упрощение условных выражений, удаление
мертвого кода и т.д.
|
Анализ модульного подхода и его применение в различных языках программирования
В данной работе рассматриваются несколько основных подходов в программировании: модульный, структурный и
объектно-ориентированный. Во второй части работы анализируется реализация модульности в некоторых языках программирования.
В заключение приводится реализация модульности в функциональном языке Sisal 3.0.
|
Система интерфейсов транслятора во внутреннее представление IR1
В статье кратко описывается система COM (Component Object Model) интерфейсов, задающих трансляцию из некого
текстового представления программы во внутреннее представление IR1, основанное на графовой модели IF1.
Приводятся требования к желаемой функциональности системы интерфейсов и возможные направления её расширения.
|
Обзор средств отладки программ на функциональных языках
Функциональная парадигма вносит свои особенности в процесс отладки программ.
К некоторым языкам традиционные методы отладки практически неприменимы.
В данной статье рассматривается ряд систем программирования на функциональных языках
и предпринимается попытка классифицировать их по применяемым методикам отладки.
|
Анализ различных участков ДНК с помощью автокорреляционной функции
Целью данной работы было изучение структуры ДНК с помощью автокорреляционного анализа:
найти некоторые различия, которые возможно не будут способствовать распознаванию неизвестных участков,
но которые характеризуют качественные различия ДНК разных функций.
В результате исследований выяснилось, что АКФ различных участков практически совпадают,
но видимые различия статистически значимы. А именно, регуляторные районы более скоррелированны, чем экзоны
(кодирующие районы), а те более скоррелированны, чем случайные последовательности.
Промоторы (регуляторные участки) - гораздо более разнообразны по своей информационной насыщенности,
чем другие последовательности. Природе "выгодно" поддерживать общее однообразие ДНК и только функционально важные
участки имеют свой "уникальный" паттерн.
|
Построение программного комплекса "Regulatory Sequences Analyzer" для распознавания цис-элементов в последовательностях ДНК
В данной статье представлена документация к программному комплексу "Regulatory Sequences Analyzer",
разработанного авторами, для визуализации поиска потенциальных цис-элементов последовательности ДНК.
Приводится краткое описание используемых программным комплексом алгоритмов Match и CoMatch, основанных на привлечении
весовых матриц для поиска простых и двойных сайтов соответственно.
Приводится описание матричных библиотек для данных алгоритмов.
|
|